1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……

在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。