影片根据同名游戏改编，“代号47”是神秘杀手组织的头号杀手，他性格冷静，智慧过人，行动神秘低调，从来没人知道他的底细，只靠颈后位置的一个纹身条码辨认身份。“代号47”既是罪恶的化身，又是善意的使徒。他从不过问犯罪的真理 及意义，直到碰上一名惊为天人神祕女子卡蒂娅，改写了他的命运，更使他遭到杀手组织的追杀，生命危在旦夕.

代号47是一个利用基因技术制作的复制人，受雇于名为“The Agency”的组织进行刺杀活动，47是他颈背条码的最后两个数字，也是他的名字。因为卷入了政治阴谋，47在东欧遭到了国际刑警和俄国军队的双重追杀。在追查真凶的过程中，他遇上了一个致命的女人。杀手的冷酷无情渐渐被女人瓦解，但是生命也正在受到威胁。