從1937年11月底上海淪陷，到1941年12月8日太平洋戰爭爆發，日軍進入租界止，曆 史上稱為「孤島」時期。那時期的上海租界，政治環境極其險惡，張善琨以古裝片《木蘭從軍》（1938）借古喻今，轟動一時，掀起了古裝片的熱潮，但很快就被大量粗制濫造的才子佳人民間故事古裝片所替代了。在孤島影壇的一片混沌中，費穆和民華公司主持人金信民、童振民，花了近一年的時間和巨大的資金去拍攝《孔夫子》，可說是眾醉獨醒，逆流而上。《孔夫子》是民華的創業作，影片沒有慷慨激昂振奮人心的戲劇性，倒處處透露出悲愴的情懷，作品中的孔子身處衰世，先後困於奸亂，絕糧陳蔡，弟子死難，家人凋零，落得孑然一身卻仍與世抗衡，節高氣傲。《孔夫子》絕不是一套討俏的電影，在華語電影大片橫行的今天，費穆在「史」與「劇」之間的思考、對電影美學方面的探索，尤其顯得難能可貴。 《孔夫子》雖然攝於上海，卻原來跟香港有著千絲萬縷的關係。1938年，金信民、演員張翼和導演費穆等都因走避戰難暫居香港而結緣，《孔夫子》的拍攝念頭便是在這種情況下孕育出來的。大半個世紀後，竟又在香港發現了《孔夫子》的硝酸底片，彷佛冥冥中註定。

公元前六世纪，孔子（周润发 饰）受到鲁定公（姚鲁 饰）赏识，从中督宰晋升为大司寇，这让他得以实行自己的以礼治国的执政理念。但是，三桓独霸朝纲，也让孔子感受到了重重阻力。他因阻止季桓子（陈建斌 饰）家奴免受陪葬，而与之结怨。他随鲁定公赴齐国会盟，与齐景公（马精武 饰）和大夫黎鉏（王绘春 饰）斗智斗勇，维护了鲁国的利益，讨回三城，因此出任代国相。他提出隳三都的政策，引发佞臣谋反，在平叛之后，季桓子假传圣旨，罢黜了孔子。从此，孔子率颜回（任泉 饰）、子路等弟子开始游历各国。在卫国，孔子得到卫灵公的尊重，获俸粟6万石。他见到了卫灵公的夫人南子（周迅 饰），并在交谈中展现了正气凛然的君子风范…… 本片主题曲《幽兰操》为歌后王菲息声多年后复出之作。