奥特战士与贝利亚之间的战斗被地球人奉为传说一直流传了下来。在六年前的地球上曾出现过怪兽，那场混乱平息之后，人们一直过着和平的日子。主人公朝仓陆从小不知道自己的双亲是谁。他在小时候遇见了佩嘉萨星人——佩嘉，他目前住在星云庄内，是一位崇拜英雄的普通青少年。某天，六年前的怪兽再次出现！星云庄被它肆意践踏，小陆和佩嘉不知该逃往何处，此时他们意外地发现了藏在地底的秘密基地。从基地的莱姆那里拿到了“奥特胶囊”的小陆，变身成了捷德奥特曼！这位奥特战士成功击退了怪兽，但他的外形却酷似贝利亚。在那之后，怪兽们接二连三地出现，它们的目标都是能源体“利特鲁之星”。这一连串的事件背后隐藏着贝利亚的阴谋，察觉到这一点的赛罗奥特曼来到了地球。继承了贝利亚遗传基因的小陆，他与命运抗争，想要成为真正的英雄，战斗就此展开！

主人公朝仓陆有一天入手了了捷德升华器与奥特胶囊，得到了变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。

朝仓陆等人从伽古拉那得知巨大人工头脑吉尔巴利斯企图抹杀全宇宙的智慧生命体，它为了寻找“赤钢”准备向地球发起进攻。为了阻止吉尔巴利斯，小陆等人来到了冲绳寻找“赤钢”，并在那里遇到了库西亚人比嘉爱琉，在她的带领下，他们终于在石像前找到了“赤钢”，然而小陆却无法令“赤钢”觉醒。就在此时，吉尔巴利斯手下的加拉特隆军团出现了，它们向冲绳发起了攻击。小陆变身成捷德奥特曼与欧布奥特曼、赛罗奥特曼一起对抗敌人。 然而小陆却给了自己太大的压力，他认为自己一定要保护好众人，结果因鲁莽行事而败下阵来，欧布奥特曼与赛罗奥特曼为了保护他而被敌人击中。小陆一度因此丧失了自信，最后在众人的鼓舞下，他的终极形态觉醒了！手持终极升华器的捷德奥特曼终极形态向吉尔巴利斯发起了挑战

奥特战士与贝利亚之间的战斗被地球人奉为传说一直流传了下来。在六年前的地球上曾出现过怪兽，那场混乱平息之后，人们一直过着和平的日子。主人公朝仓陆从小不知道自己的双亲是谁。他在小时候遇见了佩嘉萨星人——佩嘉，他目前住在星云庄内，是一位崇拜英雄的普通青少年。某天，六年前的怪兽再次出现！星云庄被它肆意践踏，小陆和佩嘉不知该逃往何处，此时他们意外地发现了藏在地底的秘密基地。从基地的莱姆那里拿到了“奥特胶囊”的小陆，变身成了捷德奥特曼！这位奥特战士成功击退了怪兽，但他的外形却酷似贝利亚。在那之后，怪兽们接二连三地出现，它们的目标都是能源体“利特鲁之星”。这一连串的事件背后隐藏着贝利亚的阴谋，察觉到这一点的赛罗奥特曼来到了地球。继承了贝利亚遗传基因的小陆，他与命运抗争，想要成为真正的英雄，战斗就此展开！