鉴于台前幕后的全盘大洗牌，《神奇绿巨人》掀起的自然是那个漫画史上最受欢迎的超级英雄的一次全新的历险故事，除了一如既往的惊天动地的爆炸场面和让人眼花缭乱的动作格斗，影片与2003年的《绿巨人浩克》并不具备什么必然的联系。 作为一个全新的开始，因受到辐射而基因变异的科学家布鲁斯·班纳，仍然在想尽办法寻找能够治愈他那被毒害了的细胞的方法，布鲁斯愤怒的时候，放肆的暴力倾向会让他的身体机能迅速蠕动，变成一个力大无穷、像小山一样高的绿色巨人，可是他不想这样，即使他能够得到神奇的超能力，却宁可过回普通的平淡生活。 为了躲避美国军方的追捕，布鲁斯只好把自己藏在隐蔽的地方，与以前的生活、包括他心爱的女人

布鲁斯正在拼命寻找方法治愈自己,同时绿巨人遭遇了新的对手,破坏力大到惊人.

物理学家罗柏特·布鲁斯·班纳博士在意外受自己制造出的伽玛炸弹放射线污染后变成了名为浩克的愤怒怪物。班纳与浩克两个身份时常造成毁灭性的破坏，因此常成为警方与有关单位追捕的对象。